Comme au niveau national, les instances régionales sont composées de représentants des employeurs (FHF) et de représentants des personnels (organisations syndicales).

Les administrateurs régionaux de l’ANFH se réunissent au sein de 3 instances :

→ le Bureau Régional prépare et est chargé d'exécuter les décisions du Conseil Régional Stratégique et de Gestion (CRSG) auquel il rend compte et peut recevoir délégation de compétence de celui-ci sur une mission particulière

→ le Conseil Régional Stratégique et de Gestion (CRSG) met en œuvre la politique nationale et régionale et détermine les règles générales de prise en charge des actions relevant des crédits mutualisés et délègue au CT les enveloppes liées aux dossiers individuels (EP, CPF et CFP)

→ le Comité Territorial (CT) est force de réflexion et de proposition en matière de formation et communication régionale. Il attribue les financements des CFP, Bilan de compétences, VAE, Etudes promotionnelles, CPF (compte personnel de formation). Il applique  les règles et critères nationaux définis par el Conseil d'Administration de l'ANFH, de la Commission d'Etudes et Développement de la Formation Permanente-CEDFP. Enfin, il décline  la politique régionale sur le territoire : il réalise une activité de veille et d'indentification des besoins et des demandes de formation, fait des propositions concernant la politique d'animation régionale  et élabore le Plan d'Action Régional.

Les instances décident notamment de l’orientation de la politique régionale. Cette politique est détaillée dans le projet stratégique régional 2025-2028 qui a été transmis aux établissements.