Préalablement à la loi n° 2019-828 du 6 août 2019, un agent en congé maladie ne pouvait être autorisé à suivre une formation. 

Pour mémoire, la possibilité pour le fonctionnaire de suivre une formation, un bilan de compétences ou une activité dans le but de sa réadaptation ou reconversion professionnelle, en situation de congé maladie, longue maladie, longue durée, et invalidité temporaire imputable au service a été consacrée par l’ordonnance n°2021-1574, telle que codifiée à l’article L 822-30 CGFP. 

Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 précise les modalités d'application de cette possibilité en insérant un article 41-2 au sein du décret n° 86-442 du 14 mars 1986. Il précise que l'avis médical favorable requis doit être rendu par un médecin agréé et impose à l'autorité administrative compétente de statuer sur la demande de l'agent dans un délai de trente jours. 

Ainsi, l'article L 822-30 du CGFP consacre la possibilité du fonctionnaire à suivre une formation ou à réaliser un bilan de compétences en vue d'une réadaptation ou d'une reconversion professionnelle pendant un congé pour raison de santé, tandis que l'article 41-2 du décret n° 86-442, dans sa rédaction issue du décret du 29 juillet 2026, en définit les modalités d'instruction, les exigences médicales et les délais de décision applicables. Il prévoit donc que cette faculté ouverte au fonctionnaire est soumise à autorisation de l’employeur. 

Conformément au II de l'article 11 du décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026, les dispositions du présent article dans leur rédaction issue du décret précité s'appliquent aux congés pour raisons de santé débutant ou prolongés à compter du 1er septembre 2026. 

Dans ce contexte, il apparaît effectivement nécessaire que l'ANFH recueille la décision de l'autorité compétente avant de procéder à l'instruction d'une demande de financement de formation ou de bilan de compétences car la décision de l’employeur est une condition d’accès à l’action de formation pendant un cogné maladie, longue maladie, et longue durée dans le but de sa réadaptation ou reconversion professionnelle.

A compter de l'entrée en vigueur de ces nouvelles dispositions, la charge du recueil de l'avis médical favorable incombe à l'employeur et non plus à l'ANFH. En effet, dès lors que le décret encadre la procédure administrative applicable à l'agent, il appartient à l'autorité compétente de s'assurer que les conditions réglementaires sont réunies avant de se prononcer sur la demande. Mais comme évoqué ci-dessus, il revient à l’Anfh de recueillir l’avis favorable de l’employeur (et non pas l’avis médical du médecin agréé favorable comme c’était le cas du fait de l’application de l’article L 822-30 CGFP) concernant la situation d’un fonctionnaire en congé maladie, longue maladie, longue durée souhaitant suivre une action de formation ou un bilan de compétences dans le but de sa réadaptation ou reconversion professionnelle.

Enfin, il est à souligner que le CFP ne permet pas un tel cumul. 

A priori, un agent en congés maladie ne pourrait pas suivre un CFP car ce dispositif n’est pas compatible avec la position d’arrêts maladie. Cela au regard de la lettre de la circulaire n°2010-57 (point 3.6 : Congés de maladie, de longue maladie, de longue durée, de maternité, accident du travail et accident de trajet : le congé de formation est suspendu. L’agent bénéficie alors du régime habituel d’indemnisation lié à ces congés. ») et compte tenu de la rémunération accordée dans le cadre du CFP qui ne pourrait pas se cumuler avec les indemnités versées au titre de la maladie. Également, en droit de la fonction publique, un agent ne peut pas se trouver simultanément sous le régime de deux congés statutaires distincts (CE, 31 mai 1963 ministre du travail et de la sécurité sociale c/ sieur Hornez).